Bei einer Sonderprüfung im Jahr 2012 zur Umsetzung der wichtigsten Präventionsmaßnahmen zur Verhinderung von Geldwäsche, Terrorismusfinanzierung und sonstigen strafbaren Handlungen  bei Sparkassen und Genossenschaftsbanken weichen die Prüfungsberichte der Sonderprüfer teilweise von denen der Wirtschaftsprüfer ab. Dies berichtet die BaFin in Ihrer aktuellen Ausgabe des BaFin Journals. Bei den Sparkassen kritisierten die Sonderprüfer die Prüfungsberichte im Bereich Monitoring und laufende Überwachung von Bestandskunden, bei den Genossenschaftsbanken wurde einer stärkere Überprüfung der Gefährdungsanalyse, der Kundenannahmeprozesse und der Monitoringsysteme angemahnt.